알렌은 의사이고 언더우드는 목사이다. 의사 선교사인 알렌은 목사 선교사인 언더우드 더 먼저 한국에 왔다. 알렌은 헤론이 입국할 때와 마찬가지고 언더우드가 입국할 때도 첫인상을 평가할 때 이미 서로 간 갈등을 예고하고 있었다. 언더우드가 입국한 1885년 4월 5일 다음 날에 기록한 알렌의 일기는 다음과 같이 시작한다. ; 

“언더우드 씨는 아주 빈틈없는 사람이고 사무적이고 민첩한 사람인 것 같아 보였다. 이 때문에 그는 오히려 자만에 빠지고 성급한 인간으로 간주되고 있다. 나는 이러한 그의 성격으로 인해 장차 우리들과 분쟁을 일으키지 않을까 우려하지 않을 수 없다.”

언더우드에 대한 알렌의 직감은 장차 두 사이에 분쟁을 예고하고 있었다. 그 분쟁의 원인은 무엇이며 언더우드에 대한 알렌의 구체적인 평가는 비난으로 이어졌다;; 

“[그는]늘 자의식이 강한 장로교 가문의 배경을 지니고 있었다. 길쭉하고 챙이 있는 모자에다가, 흰 넥타이가 감추일 정도로 단추를 낀 검정 코트를 입고 그는 겁을 모르는 집사와도 같이 보였다. 또한 그의 꿋꿋한 턱, 높이 치켜든 머리는 그 역시 지배욕이 강하다는 것을 나타내고 있었다. 명령을 받으려 하지도 않았고, 남의 충고를 귀담아듣지도 않았으며, 서울에서는 오직 하나뿐인 칼빈주의 안수목사로서 자기가 다른 사람과 의견이 맞지 않을 때라도 자기의 말이 하나님의 말씀이라는 확신을 갖고 있었다.”

알렌은 의사답게 신체의 부분을 잘 묘사해 가면서 나름대로 얼굴형과 성격을 연결 지으며 평가하고 있다. 신학을 공부하지 않는 알렌과 신학을 공부하고 목사가 된 언더우드와의 충돌은 의사와 목사가 갖고 있는 일반적인 충돌일 수도 있을 것이다. 그러나 문제는 한국 초기 선교 현장에 서로의 주도권 싸움으로 갈등이 늘 존재 해 왔다는 것이다.

언더우드 편지에서 알렌과 헤론과의 관계에서 알렌은 독선적인 사람이라고 문제를 지적한다. 심지어 알렌은 병원에서 헤론 의사와 관계된 일마저 헤론과 전혀 상의 없이 혼자 처리한다고 지적하고 있다. 다음은 언더우드가 평가한 갈등의 원인과 제공자가 알렌이었을 기록한 편지 내용을 보면 다음과 같다. : 

“의료 사업과 관련된 계산서를 전적으로 알렌이 관리하고 있으며 감사를 받지도 않습니다. 이것이 그리 크지 않는 문제라 해도 의료 사업 이외에 사용한 비용에 대해 헤론 의사는 알렌 의사에게 일일이 항목별로 계산서를 제출해야 하는 것은 옳지 않습니다. 그리고 헤론 의사는 의료 비용에 대해 일체 의견을 말할 수 없을 뿐 아니라 심지어 그중에 단 1원이라도 어떻게 사용되는지 전혀 알 수가 없습니다. … 우리는 이제 알렌 의사에 대한 신뢰를 모두 상실하게 되었습니다. 일렌 의사는 이중적인 사람이며, 조금만 말씀드려도 그 사실은 드러날 것입니다.”

언더우드와 헤론, 그리고 알렌 사이의 갈등은 전적으로 알렌의 독선적 행정 스타일과 혼자 전횡하는 것에서 비롯되었다는 것을 미루어 짐작할 수 있다. 한국 개신교 선교 초기 선교의 현장에 선교사들 간의 갈등이 없지 않았다. 그러나 그러한 갈등이 있었음에도 선교사역은 하나님의 프로그램에 의해 역동적으로 진행되었다. 하나님께 감사하지 않을 수 없다.